Kegiatan kokurikuler di SMP Negeri 5 Kudus merupakan bagian integral dari proses pembelajaran yang dirancang untuk memperkuat, memperdalam, dan memperkaya kompetensi peserta didik. Kegiatan ini dilaksanakan sebagai pendukung kegiatan intrakurikuler agar siswa tidak hanya memahami materi secara teoritis, tetapi juga mampu menerapkannya dalam kehidupan nyata.

Pelaksanaan kokurikuler di SMP Negeri 5 Kudus bertujuan untuk :
1. Menguatkan pemahaman materi pelajaran yang telah dipelajari di kelas
2. Mengembangkan kemampuan berpikir kritis, kreatif, dan kolaboratif
3. Menumbuhkan karakter disiplin, tanggung jawab, dan percaya diri
4. Meningkatkan keterampilan literasi, numerasi, dan kecakapan abad 21
5. Mendorong peserta didik aktif, mandiri, dan berpartisipasi dalam proses pembelajaran

Tema kegiatan kokurikuler SMP 5 Kudus :
1. Pola Hidup Sehat
2. Generasi Sehat dan Bugar
3. SEHATI (Sekolah sehat dan indah)
4. Sekolah Sehat
5. Anti Perundungan
6. Membangun Budaya Sekolah yang Berkarakter melalui PIN Cermat
7. Suara Demokrasi
8. Kearifan Lokal
9. Pemilahan, Pemanfaatan, da Pengendalian Sampah Anorganik
10. Sekolah Ramah Anak Berbasis Budaya dan Akhlak
11. Aku Cinta Indonesia